Peu utilisé par Christian Gourcuff (10 apparitions TCC, seulement 341 minutes jouées), René Krhin quittera donc les rives de l'Erdre fin Juin. Arrivé sous les ordres de Claudio Ranieri sous forme de prêt, il aura évolué à 50 reprises sous le maillot nantais. Le FC Nantes a levé l'option d'achat du milieu défensif slovène (environ 300.000 euros) au mercato d'été 2018.

En 3 ans, Krhin a marqué à deux reprises avec le FCN, contre Toulouse en Ligue 1 et face à Chateauroux en 32e de finale de Coupe de France.